Das spätgotische Rathaus beherrscht die Altstadt von Merkendorf. Die Außenwände sind teils in massiven Sandsteinmauerwerk, teils in abwechlsungsreichem Fachwerk ausgeführt. Über dem wappengeschmüchten Portal erinnert ein dreiteiliges Relief an den Besuch Kaiser Maximilians I. Es zeigt im Mittelfeld den Kaiser zu Pferd mit erhobenem Schwert, darüber das Spruchband "IMP CAES MAXIMIL AUG". Rechts ist das kaisserliche Gefolge mit Trommler und Fahnenträger, links die Bürgerschaft zu sehen. Eine Inschriftentafel verkündet: "Am Montag nach Allerheiligen 1506 ward in dießem Rathaus Kayßer Maximilian bewillkummt".
In dem im 15. Jahrhundert errichteten Gebäude sollen Bürgermeister und Rat 1479 ihre erste Sitzung abgehalten haben. 1648 brannte das Rathaus ab und wurde 1659 bis 1661, mit einer Stadtapotheke im Erdgeschoss, wieder aufgebaut. 1851 kaufte die Stadt den Getreidespeicher vom Staat, verlegte die Verwaltung dorthin und verkaufte 1856 das Rathaus an den Grünbaumwirt, der das Gebäude umbaute und für Brauereizwecke nutzte.
Bei einer Außenrenovierung im Jahr 1933 legte man das Fachwerk frei. Nachdem der Eigentümer mehrmals gewechselt hatte, kaufte die Stadt 1987 das Gebäude zurück, sanierte es und nutzt es seit 1991 wieder als Rathaus.
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